Whisper of the Heart gaat over een jong meisje, Shizuku. Als er iets is dat Shizuku graag doet, is het lezen. Allerlei boeken werkt ze op een razend tempo door en in de plaatselijke bibliotheek is ze het meest te vinden. Wanneer ze weer eens een flinke stapel boeken leent, valt haar op dat in elk boek steeds een bepaalde naam staat van een jongeman die de boeken voor haar geleend heeft, een zekere Seiji Amasawa. Het toeval wil dat ze hem ontmoet. Tussen hen ontstaat een grote vriendschap, waarbij ze niet alleen de Seiji beter leert kennen, maar ook zichzelf. Zo komt ze er achter wat ze wil doen in haar leven en schrijft ze haar eerste eigen verhaal.